農藥所111年度

法可對 PLS 進行分子檢測，本研究利用 16S rRNA 、 16-23S rRNA 及 gyrB 三組基 因設計 5 組 TaqMan PCR 專一性引子偵測 PLS ( 表 11) ，與美國農部合作，利用 88 個 Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) 、 147 個 X. fastidiosa (Xf) 及 32 個 Xt 菌株的全基因體序列確認引子及探針的專一性。後續以 5 組引子針對 23 個 田區採集到的 140 個罹病梨樹與健康梨樹 DNA 進行檢測 ( 表 12) ，並以 2 個 Xt 菌株、 1 個 Xf 菌株及 1 個 Xcc 菌株 DNA 作為對照。結果顯示在挑選的 10 組梨 樹 DNA 的平均偵測結果， 16S rRNA 及 16-23S rRNA 所設計的雙基因拷貝數的引 子組 (Ct: 21.98 、 21.59 、 22.23) 較 gyrB 的單基因拷貝數的引子組 (Ct: 23.67 、 24.06) 具有較高的偵測靈敏性 ( 表 13) 。另外也以梨樹 DNA 進行全基因體分析， 研究是否有其他因素造成田間非 Xt 感染造成的葉緣焦枯病徵。 表 11. 本研究所用之引子組，並以 PLS229 進行比對 (CP053627.1) Primer name Sequence (5’- 3’) Amplicon size (bp) Locus Copy number Position number in PLS229 PLS-F Forward TGGACGTTGT GGTATCGGTG 416 Open reading frame and Intergenic 1 2138396-2138811 PLS-R Reverse TTGAAGTTGA CGTGTGGCTG Xt803-F Forward ATGATGTAGT AAGCGTTTGA ACTGT 121 16S-23S intergenic region (16S-23S ITS) 2 79135-79255 198720-198840 Xt803-P Probe ACAATAAGTC ATTGAAGCCA GGTGTGGG Xt803-R Reverse AAGCCGCCTC AGAATCATCT Xt731-F Forward CCCAGACCCA CCAATGTGAG 90 16S-23S intergenic region (16S-23S ITS) 2 79035-79124 198620-198709 Xt731-P Probe TCGTCGATTC TGAATGTAGT TTGCGCA Xt731-R Reverse AAGAACGCTT CACAGCTACA AC Xt16S-F Forward GCAGCACAGT GGTAGCGA 159 16S rRNA gene ( rrs ) 2 77313-77471 196898-197056 Xt16S-P Probe ATCATGGGTG GCGAGTGGCG GAC Xt16S-R Reverse CCAATCGCAC AAGGCCCA XtgB1-F Forward GGTGTGGCGT TGGAGAAA 154 DNA gyrase gene ( gyrB ) 1 6802-6955 XtgB1-P Probe TTATGACTCC CGCCTACTGG AAGCGT 52