本所隸屬於農業部，職掌為農藥之研究與發展，農產品殘留有毒物質之管制，植物保護新方法之開發，技術服務及訂定各種檢定方法與評估標準，以確保農藥之合理使用及農產品之安全品質。

本所之主要工作目標為：
1. 技術支援農藥主管單位，加強農藥管理、登記及品質管制。
2. 協助產業主管單位進行農水畜產品食用安全之檢測把關、諮詢評估及監測網絡運作。
3. 改良產製技術、提升農藥品質、研發農藥製劑配方，降低農業生產成本，並加強其使用之安全評估。
4. 發展植物保護新方法，促進農藥安全、經濟、合理的有效使用。