本所成立於民國74年元月1日。其前身為臺灣植物保護中心，設立於民國60年，原為政府與聯合國合作設立之機構，自從撤出聯合國後，經費則完全由政府負擔。由於在維護農藥安全合理使用及降低農藥用量之研究上，成就傑出，遂於民國74年納編為省政府農林廳所屬專責農藥及毒物研究之機構。

民國88年省政府改制，改隸行政院農業委員會。

民國112年8月1日行政院組織調整，改制為農業部農業藥物試驗所。