技術方面本所共分五組，即殘留管制組、應用毒理組、資材研發組、農藥應用組，從事研究工作；另設技術服務組，辦理技術性之綜合業務及推廣傳播工作。

農藥殘毒管制

• 檢驗技術精進研究
• 殘留消退研究
• 環境安全研究
• 農產品安全研究

毒理風險評估

• 毒性測試技術研究
• 環境生物毒理研究
• 風險評估研究
• 機能性農產品安全與功效研究

植物保護資材

• 微生物農藥開發
• 生化農藥開發
• 天然素材農藥開發
• 安全製劑開發

植物應用技術

• 農藥合理使用技術之發展
• 植物健康管理
• 外來植物風險評估
• 藥害研究

技術推廣

• 植物保護資訊之整合建構
• 農藥登記審查評估
• 研發技術移轉成果管考
• 推廣訓練品質精進研究

輔導農民安全永續生產

1.生產安全合格之農產品

• 1.1.組成醫、藥、檢跨領域之專業輔導團隊
• 1.2.研發環境友善安全資材
• 1.3.推動安全資材之商品化及產品化
• 1.4.監測成品農藥之品質
• 1.5.提供病蟲害防制之安全用藥策略

提升消費者食安信心

2.生產安全合格之農產品

• 2.1.把關農藥登記時對人畜之安全
• 2.2.推動專業實驗室國際認可之取得
• 2.3.評估上市農藥之毒性與安全風險
• 2.4.訂定農產品中農藥殘留之安全標準
• 2.5.監測農漁畜產品中讀物及汙染物之殘留

維護農產生態環境安全

3.防止農藥、汙染物及外來生物對農業環境之危害

• 3.1.把關農藥登記時對環境之影響
• 3.2.評估農藥對農業環境中指標生物之影響得
• 3.3.監測農業環境中農藥等有機汙染物之殘留
• 3.4.訂定入侵生物風險指標
• 3.5.擬定監測與防治策略